إدارة الموارد البشرية هي المسؤولة عن وضع وتنفيذ أفضل الأساليب والممارسات اللازمة لبناء كوادر قيادية وكفاءات وظيفية من خلال تطوير طاقات وقدرات الموظفين في جميع أنحاء الدائرة، بالإضافة إلى توفير ثقافة مؤسسية قوامها "الأداء من أجل تقديم أفضل الخدمات والتسهيلات".
بينما تناط للإدارة المالية مسؤولية تخطيط وتنفيذ وإدارة جميع الأمور المالية المتصلة بها وفقا للأهداف الإستراتيجية لجمارك دبي. ويشمل ذلك تحديد الأهداف المالية، وإدارة ومراقبة هذه الأهداف، ووضع الميزانية السنوية لجميع القطاعات والوحدات الإدارية في الدائرة.
أما إدارة الشؤون الإدارية فهي مسؤولة عن توفير بيئة عمل فعالة لموظفي الدائرة، وتشمل الأقسام المختصة بتنظيم عمليات الشراء وإدارة المشاريع وتنفيذها من خلال متابعة أفضل الممارسات العالمية، كما أنها مسؤولة عن تنمية الموارد المالية غير الجمركية، من خلال قسم إدارة الممتلكات.