يعتبر قطاع عمليات الشحن الجمركي مسؤولا عن تحقيق الإلتزام بتطبيق القانون الموحد لدول مجلس التعاون الخليجي والقوانين الأخرى السارية ذات العلاقة، وذلك من خلال الإشراف على معاملات التخليص الإلكتروني والتفتيش المبني على قواعد استخبارية على البضائع والتدقيق اللاحق على المعاملات الجمركية بمختلف أنواعها وطبيعتها بعد انتهاء إجراءاتها جمركيا بالآلية التي تحددها الدائرة كمعايير أساسية لإجراءات التدقيق اللاحق.
وكذلك تطبيق معايير التحقيق في القضايا وتوفير الأدلة المؤكدة عليها والتحفظ والحجز المبدئي وإدارة تخزين البضائع المشتبه بها، وتقديم الدعم الفني الميداني بالأجهزة والمعدات اللازمة لإجراء الكشف الميداني على البضائع والدعم بالرأي والاستشارة الفنية التخصصية من خلال الفرق المختصة.
وقد أنيطت مسؤولية إدارة هذا القطاع إلى السيد محمد مطر المري لما يتمتع به من خبرة وكفاءة أهلته لهذا المنصب، كما تم تعيين عدد من الكفاءات الكبيرة لإدارة الدوائر والوحدات التنظيمية المختلفة التابعة لهذا القطاع الحيوي.